清代玉琳国师在阅读大藏经时，阅读至药师如来本愿功德经的时候，觉得药师如来的十二个大愿对于末法众生正如手握摩尼宝珠一般殊胜难言。只要信之、行之、不懈怠的信解专持、则不但对世间法的功名利禄，逢凶转吉，消灾除难，福寿安宁，所求如愿之外，乃至于出世间法的连取无上正等正觉得证佛果，亦包含蓄在本经之中。